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Chapitre 1 : La Guerre Des ClansDirigé par la lignée impériale Hantei, Rokugan était un empire millénaire partagé entre sept Clans majeurs et treize Clans mineurs. Cet empire fut fondé par huit Kamis, les enfants de Dame Soleil et Seigneur Lune, qui fondèrent chacun l'un des Clans majeurs pour que l'autre puisse en devenir l'Empereur. Le neuvième Kami, Fu Leng, s'égara dans l'outre monde et devint fou. Une guerre éclata alors entre les hordes de l'outre monde dirigée par Fu Leng et l'empire de Rokugan. Finalement, un moine du nom de Shinsei alla trouver le Kami fou avec sept mortels, les Sept Tonnerres, et l'emprisonna à l'aide de douze Parchemins noirs. Depuis, le Clan du Scorpion veille sur ces douze Parchemins afin que nul ne libère Fu Leng, mais mille ans passèrent et un cycle s'acheva ...
Chapitre 2 : Le Coup d'État du ScorpionTout commence lorsque le Daimyo du Clan du Scorpion, découvre une ancienne prophétie indiquant que le dernier de la lignée Hantei provoquera la fin de Rokugan. Divers signes indiquent que cet événement est proche et le Clan du Scorpion doit agir pour le bien de l'empire. Après avoir demandé conseil au Kami, Togashi Shoju lançe son grand plan. Il raviva l'hostilité entre le Clan de la Grue et celui du Lion jusqu'à arriver à une guerre ouverte. Au plus fort des batailles, Shoju fait empoisonner leurs champions respectifs et s'infiltra dans la capitale, massacra tous les courtisans qui s'y trouvent ainsi que toute la famille impériale, sauf l'héritier. A part le Phénix, le Lion et la Grue, les autres Clans sont trop éloignés pour réagir mais la magie du Phénix est neutralisée par les protections de la capitale. Shoju pense avoir gagné.
Ses ambitions commence à aller de travers, lions et Grues s’allient pour faire le siège de la capitale et les Licornes traversent tout l'Empire à une vitesse surnaturelle. Malgré la neutralité du Dragon, quelques contingents de la famille Mirumoto sont présents et le Clan du Crabe se met en marche. Le dernier espoir de Shoju est que Hida Kisada et le daimyo du Crabe se joigne au Scorpion. Finalement, Akodo Toturi, que tout le monde croyait mort empoisonné, refait son apparition et dirige l'assaut contre le palais impérial, Kisada refuse l'offre de Shoju et se rallie à Toturi et Yogo Junzo, croyant Shoju mort, il ouvre le Parchemin noir dont il a la charge afin de protéger son Clan. Shoju comprend alors qu'il a perdu et qu'il n'a fait que précipiter les événements, il tente tout de même de résister mais il se fait tuer par Toturi.
Ce qui s'est passé après est plutôt confus mais à la suite du coup d'état, le Clan du Scorpion n'est plus, son épée ancestrale est brisée et le dernier Hantei prend la femme de Shoju, Bayushi Kachiko, pour épouse. Toturi, ayant déplu au nouvel empereur, se voit retirer son nom de famille, son statut et son honneur, devenant Toturi le Noir, un simple rôdeur. La famille Akodo n'est pas épargnée et suit son ancien daimyo dans la honte, à l'exception du sensei Akodo Kage qui est au-dessus de tout soupçon. Une chasse aux sorcières s'organise alors, purgeant l'empire des Scorpions et des Akodo.
Chapitre 3 : La Première Partie de la Guerre des ClansDeux ans plus tard...
Une peste terrible ravage l'empire et même l'empereur n'y échappe pas. Seul sa femme, Bayushi Kachiko, reste avec lui dans le palais pour soulager ses souffrances. Une rumeur commence alors à circuler parmi les Clans : "l'empereur est mourant et il cherche un héritier parmi les Six Clans majeurs". Sans Champion d'émeraude pour faire régner la loi, les Clans partent à la guerre pour s'imposer comme successeurs au trône. Kachiko réussit à persuader Hida Kisada qu'il deviendra le futur empereur, chacun pensent manipuler l'autre. Le Crabe fait alors un pacte avec les forces de l'Outre monde, en croyant que le Crabe pourra les éliminer de Rokugan une fois arrivé au pouvoir. Dans le même temps, Doji Hoturi est remplacé par un duplicata crée avec l'œuf de Pan Ku.
La première partie de la Guerre des Clans est marquée par un important conflit qui sera à l'origine de nombreuses batailles futures. Le Crabe, traversent le col de Beiden, attaque les territoires Grues. Le Lion le rejoint rapidement et la Grue ne doit son salut qu'à l'aide conférée par les Clans du Dragon, de la Licorne et du Phénix. Les Crabes se retirent rapidement vers le col de Beiden, poursuivis par les Dragons et les Licornes. Togashi Yokuni offre alors le commandement de son armée à Toturi le Noir mais personne ne réussit à prendre le contrôle du col. C'est au cours de ces affrontements que Hida Yakamo perd sa main face à Mirumoto Hitomi avant d'être lié à un oni afin de se venger. Pendant son absence, Hida Sukune perd bataille sur bataille et est obligé de rendre des comptes à Hida Kisada qui le sacrifie sur la bannière de l'Outre monde. Finalement, Toturi l'emporte face à Yakamo et poursuit l'armée Crabe. Quant à Mirumoto Hitomi, Yakamo lui broie la main et brise son épée.
Toturi se trouve malheureusement isolé car les Licornes contrôlent désormais le col et refusent de le laisser passer. Le faux Hoturi l'attend au nord avec une armée de créatures de l'Outre monde, les Crabes sont au sud et les Lions ont préparés une embuscade au seul passage possible pour revenir dans les terres Dragon. Mirumoto Daini est alors envoyé voir les Naga pour s'en faire des alliés. Quant à Toturi, il prend soin d'un vieil ami qu'un rôdeur inconnu vient de libérer des griffes de Dame Kachiko.
Pendant ce temps, la guerre entre les Lions et les Grues continue, les Phénix, dirigés par Shiba Tsukune, continuent leur alliance avec ces derniers. Un tournoi est organisé afin de désigner un nouveau Champion d'émeraude. Kakita Toshimoko entre dans le tournoi au dernier moment et bat en finale Mirumoto Hitomi, équipée de la Main d'Obsidienne donnée par Kachiko. Toshimoko contre ainsi les plans du Scorpion et fait savoir qu'il ne se laissera pas manipuler. Mais un terrible événement vient d'être détecté par les Maîtres des Éléments du Clan du Phénix : les Parchemins noirs s'ouvrent les uns après les autres...
Chapitre 4 : La Deuxième Partie de la Guerre des ClansLa Guerre des Clans prend une nouvelle tournure. Avec l'ouverture des parchemins noirs, Fu Leng est peu à peu libéré et parvient à s'incarner dans le corps de l'empereur, affaiblit par le poison inoculé par Kachiko. Yogo Junzo a rassemblé une énorme armée de créatures de l'Outre monde et part à la recherche des derniers Parchemins noirs avant de piller les temples pour retrouver le descendant caché de Shinsei. Le Clan de la Grue est quasiment exterminé, poursuivit par les Lions et l'armée du faux Hoturi. Un an après le début de la guerre, seuls les temples de la famille Asahina ne sont pas tombés. La Grue a du recruter une armée de mercenaires du Clan de la Mante pour remplacer ses propres hommes tombés au combat. Le Clan du Phénix, qui possède trois des douze Parchemins noirs, est peu à peu corrompu par l'étude de ces textes souillés. Leur soif de connaissance est telle qu'ils invoquent un oni afin de le questionner.
Kisada, avec l'aide de Kachiko, organise une attaque surprise de la capitale par un grand débarquement. Matsu Tsuko, la générale en chef des troupes impériales, reçoit l'ordre de l'empereur de ne pas intervenir. Les Crabes et leurs alliés de l'Outre monde massacrent les Lions et Kisada, pénètre dans la salle du trône. Fu Leng se révèle à Kisada avant de l'achever avec l'épée des Hantei. Yakamo quitte la capitale avec le corps de Kisada, suivi par les Crabes encore fidèles. Les Crabes souillés et leurs alliés de l'Outre monde prennent possession de la capitale. Une fois en sécurité, Yakamo coupe la pince qui le lie à l'oni qui porte son nom et la remplace par la Main de Jade, un vieil artéfact que lui a donné Yokuni. Yakamo devient le nouveau daimyo du Crabe et annonce la purge du Clan de la souillure de l'Outre monde.
A la nouvelle du retour de Fu Leng, les Clans se séparent en deux factions : ceux qui veulent conquérir le trône et ceux qui veulent combattre Fu Leng. Toturi rallie sa propre armée et part à la poursuite de Yogo Junzo. Les Naga, accompagnés de Daini, partent aider les Grues qui sont attaqués par le faux Hoturi. Là les deux Hoturi se font face et seul le véritable champion survit. Les Naga et les mercenaires exterminent les dernières créatures de l'Outre monde et la bataille est gagnée par les Grues. Yoritomo, avec l'aide de sa nouvelle armée, poursuit la lutte contre les hordes de l'Outre monde, tout comme les Licornes qui refoulent les raids des goules. Les Lions sont divisés entre leur devoir de protéger l'empereur et leur volonté de sauver l'empire. Matsu Tsuko décide alors de faire l'ultime sacrifice en allant voir Toturi et en se faisant seppuku. Suite à ce geste, une partie des Lions rejoint Toturi alors que les autres protègent aveuglément la capitale.
Finalement, le descendant de Shinsei se fait connaître aux Clans et rassemble les Sept Tonnerres réincarnés avec l'aide de Togashi Yokuni. Le Jour du Tonnerre approche !
Chapitre Dernier : Le Jour du Tonnerre et la Fin de la GuerreLes combats autours de la capitale sont acharnés. Les Nâgas exterminent une grande partie des créatures de l'outre monde présente. Les Licornes combattent Yogo Junzo et ce dernier finit écrasé sous les sabots du cheval d’Otaku Kamoko alors qu'il s'enfuyait. L'alliance de Yoritomo s'occupe de détruire les renforts de l'outre monde, évitant ainsi que les Clans majeurs ne soient pris à revers. Chez les Phénix, Isawa Tsuke, rendu fou par la corruption, détruit tous les shugenja qu'il rencontre. Il est finalement tué par Shiba Ujimitsu avant que celui-ci ne succombe à ses blessures. Yakamo rencontre l'oni qui lui avait volé son nom. L'oni prend le dessus et va le tuer lorsque Mirumoto Hitomi donne un coup mortel à l'oni. Avant l'assaut final, les Sept Tonnerres se réunissent et l'armée de Yoritomo prend position. Le daimyo mercenaire demande à voir les Tonnerres et fait savoir qu'il ne combattra pas si le Clan de la Mante ne reçoit pas le titre de Clan majeur. Sa requête est acceptée.
Arrivée aux portes du palais impérial, l'armée de Toturi rencontre l'armée des Lions restés loyaux à l'empereur, et commandée par Ikoma Tsanuri, qui combat l'armée du Lion loyal à l'empire, et commandée par Kitsu Motso. La bataille dégénère et Toturi va sur la ligne de front, arrête les combats. Il crie alors "Pour Tsuko et pour Rokugan !" et tous les Lions le suivent à l'assaut du palais. Shinsei, Yokuni, Isawa Tadaka, Mirumoto Hitomi, Toturi, Otaku Kamoko, Doji Hoturi et Hida Yakamo entre finalement dans la salle du trône où les attendent Bayushi Kachiko, l'armée de l'épée brisée du Scorpion, et Fu Leng.
Le combat qui s'ensuit est épique. Yokuni se révèle en fait être le Kami Togashi et combat Fu Leng avant d'être mortellement blessé. Les Sept Tonnerres sont vaincus jusqu'à ce que Hitomi plonge sa Main d'Obsidienne dans le corps de Togashi pour en extraire son cœur. Elle écrase l'organe, afin de gagner par la même occasion une partie des pouvoirs de Togashi, et en extirpe le douzième Parchemin noir qu'elle utilise. Shinsei annonça alors que Fu Leng est libre mais ce faisant, il devient mortel. Hitomi reste à l'écart du combat. A la fin, Hoturi et Toturi frappe simultanément Fu leng, qui est décapité. Hoturi ne survit pas, tout comme Tadaka mais avec la mort de Fu Leng, la Horde s'éparpille rapidement.
Toturi devient empereur et nomme Kakita Yoshi comme conseiller. Un nouveau Tao, transcrit par Isawa Osugi, est écrit suite à la longue discussion entre Shinsei et Toturi. Hitomi, habitée par l'esprit de Togashi, prend le contrôle du Clan du Dragon et accepte le retour de Togashi Kokujin, mais ses décisions ne font pas l'unanimité et certains Ise zumi rejoigne la Confrérie de Shinsei. Le Clan du Scorpion retrouve sa place et le Clan de la Mante fait valoir son nouveau statut. Des chartes sont rédigées pour indiquer la place de chacun dans le nouvel empire, y comprit l'armée de Toturi qui devient la nouvelle garde impériale. Mais parmi les cadavres, celui du traître Kuni Yori manque, de même que la tête de Fu Leng. Le Clan du Crabe reprend son poste sur le Mur mais de nombreuses créatures de l'Outre monde se cachent encore au cœur même de l'empire. La paix est enfin revenue et tout le monde espère qu'elle durera à nouveau mille ans.